普通胃肠镜
1、舒适度低
胃镜：大部分患者都会感到不适，部分被检查者由于咽部反射强烈，在胃镜插入时表现为剧烈的恶心和呕吐，虽然在医生指导下可以忍受或减少这样的痛苦，但是过程中的不适感可能会给不少患者留下阴影。
肠镜：普通肠镜检查的需要病患配合度较高，在检查过程中因需要注气，一般会有腹胀的感觉，因肠道的拐弯较多，有的转弯角度较大，在肠镜通过时可能会有腹痛的感觉，但大多可耐受。
2、反应大，影响观察
胃镜：进行内镜检查时医师需要通过“注气”将胃腔肠腔撑开，如果反应大，不停的恶心、呕吐，胃会缩起来，影响观察；此外，胃的皱襞纠集在一起，皱襞之间的病变容易被遗漏。
肠镜：肠镜检查的难易度受影响因素较多，和身高、胖瘦、有无腹部手术史、有无便秘、对疼痛的耐受力等有关，因此每个人的反应也是因人而异。因此，个别属于困难肠镜的被检查者可能会腹痛比较明显，严重者甚至拒绝继续检查，从而导致检查未完成。
无痛胃肠镜
1、舒适度高：检查过程没有感觉，睡个小觉检查就做好了。
2、利于观察：不会频繁恶心呕吐，医生可以对各个部位进行仔细观察，万一有可疑的病灶，也可以定定心心的进行活检。
3、损伤较小：胃镜检查时不会受咽部反射大的影响，因此咽部黏膜损伤情况较少。
4、完成度高：部分被检查者因反应过大及过于紧张，无法耐受普通胃肠镜，而无痛胃镜可避免这些因素影响。
